Batera a un fonctionnement clair organisé autour des 4 revendications. C'est l'assemblée générale qui dicte le calendrier et décide des actions.

Tous les ans en mars ou avril, l'assemblée générale désigne un « groupe moteur » composé de personnes issues des différents secteurs et représentant les militants des organisations partenaires.

Pour la période 2011-2012, voici la composition du groupe moteur :

Mattin Bacho

Sauveur Bacho

Juliette Bergouignan

Mixel Berhocoirigoin

Martine Bisauta

Nikolas Blain

Jakes Bortayrou

Frantxua Camus

Pierre Casenave

Sébastien Castet

Panpi Dirassar

Philippe Duluc

Jean-René Etchegaray

Maite Goienetxe

Paxkal Indo

Lucienne Latxague

Jean Lissar

Daniel Olcomendy

Menane Oxandabaratz

Batera fonctionne en privilégiant le débat et le consensus. Pour chaque revendication, le projet est formulé, chacun peut se positionner par rapport à ses propres convictions ensuite la demande est faite aux autorités compétentes. Si la demande reste lettre morte Batera va tout de même de l'avant et organise et propose une solution (voir Laborantxa Ganbara, La consultation...).